A estrutura orgânica da DGO, de acordo com a Lei Orgânica/2007 [Decreto-Lei n.º 80/2007, de 29 de Março] e com a Portaria n.º 346/2007, de 30 de Março, encontra-se esquematizada no Organigrama seguinte.

Integram a DGO oito Serviços Centrais que executam e apoiam as suas principais actividades e seis Serviços Delegados, aos quais cabe representar a Direcção-Geral junto dos diversos Ministérios, bem como prestar apoio na área orçamental aos serviços dos respectivos Ministérios, estabelecendo a ligação entre estes e o Ministério das Finanças.

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